Кафедра почвоведения была создана в 1930 году. Она явилась первой школой подготовки почвоведов-сибиряков. Кафедра была основана на базе имеющегося при кафедре ботаники небольшого кабинета почвоведения. Курс почвоведения для студентов ботанической специальности в первое время читал заведующий кафедрой ботаники профессор Виктор Владимирович Ревердатто, а с 1928 г. — приглашенный почвовед И.С. Смирнов, который и стал первым заведующим созданной кафедры почвоведения (1930-1932 г.г.).

В январе 1930 г. факультетская система в университете была ликвидирована и заменена системой отделений и кафедра почвоведения представляла собой самостоятельное почвенное отделение с набором студентов – 25 человек. Учебный план отделения почвоведения предусматривал подготовку
почвоведов-географов, что определялось общим направлением в то время науки почвоведения, относящейся к геолого-географическому циклу. Уже с первого курса студенты принимали активное участие в экспедициях по изучению почвенного покрова Сибири.

С 1932 года после отъезда из г. Томска И.С. Смирнова руководство кафедрой начал осуществлять выпускник Ленинградского университета, ученик известного почвоведа – академика К.Д.Глинки Константин Андреевич Кузнецов. Под его руководством кафедра почвоведения успешно развивалась в течение 20 лет (с 1932 по 1952 г.) будучи единственной в Западной Сибири школой по подготовке специалистов – почвоведов.

В 1932 году была восстановлена факультетская система, и кафедра почвоведения вошла в созданный геолого-почвенно-географический факультет. В это время сотрудники кафедры под руководством К.А. Кузнецова проводят экспедиции по изучению почвенного покрова и
составлению почвенных карт регионов юго-восточной части Западной Сибири. Было начато изучение почв окрестностей г. Томска.

Первый выпуск почвоведов в Томском университете был в январе 1936 г. С этого момента кафедра начинает пополняться наиболее талантливыми выпускниками. Аспирантами кафедры становятся Е.С.Кускова и Л.Г.Шубина (1936 г.) Их научно-исследовательская работа была посвящена изучению
свойств почв Томской области. Из числа выпускников кафедры в качестве
ассистента, затем доцента начинает работать К.А.Уфимцева (с 1938 г. по 1942 г.) – работы Клавдии Андреевны связаны с географией и картографией почв; Т.П. Славнина (с 1943 по 1987 г.) – работы Тамары Порфирьевны связаны с химией почв; С.А.Коляго (I948-I963) – Степан Александрович, работая в качестве доцента, заведующего кафедрой, декана биолого-почвенного факультета, уделяя большое внимание преподавательской работе, проводил почвенные исследования в Западной и Восточной Сибири.

На кафедре с 1934 по 1940 г. работал Петров Борис Феодосьевич, который осуществил множество экспедиций в различные районы равнинной и горной частей Сибири. С 1949 по 1959 г. на кафедре работал доцент Н.Ф. Тюменцев – Николай Федорович исследовал влияние удобрений на свойства почв и
урожай сельскохозяйственных растений. Многосторонняя и планомерная деятельность кафедры, как и всего университета, была нарушена в годы Великой Отечественной войны. Многие студенты в каникулы оставались в г. Томске, заменяли на заводе рабочих, ушедших на фронт, оказывали помощь в госпиталях. В 1945 г. был зачислен на кафедру вернувшийся с фронта Е.М. Непряхин – выпускник кафедры 1938 года. Более 30 лет жизнь Ефима
Михайловича была связаны с Томским университетом, который проводил исследования почв южных и юго-восточных районов Томской области.

В 1948 г. после августовской сессии ВАСХНИЛ была проведена реорганизация подготовки специалистов-почвоведов. Кафедра была
передана на биологический факультет и последний был преобразован в
биолого-почвенный (БПФ). В связи с этим в учебный план специальности вносятся соответствующие коррективы, усиливаются предметы биологического цикла. А в 1949 г. в составе почвенного отделения БПФ открылась кафедра агрономии, заведовал которой ректор Томского университета профессор Макаров Василий Тимофеевич. Штат кафедры
был сформирован, главным образом, из выпускников и преподавателей кафедры почвоведения. На кафедре агрономии работали доценты Н.Ф. Тюменцев и З.Д. Кузнецова. Заочную аспирантуру проходил директор Сибирского ботанического сада Прикладов Николай Васильевич. Кафедра агрономии просуществовала до 1954 г., когда В.Т.Макаров перешел на работу в Московский государственный университет. Преподаватели и студенты этой кафедры были переведены на кафедру почвоведения. В 1954 г. в качестве старшего преподавателя, а затем доцента начинает работать на кафедре почвовед Омской землеустроительной экспедиции И.С. Сметанин, который проработал до 1964 г. Иван Семенович автор многих работ по почвоведению и охране почв. С 1954 г. по 1956 г., а также с 1963 по 1973 и с
1983 по 1998г. кафедрой заведует доцент, а затем профессор Т.П. Славнина. В эти годы на кафедре работали после окончания аспирантуры Л.М. Бурлакова (1959-1962 г.г.), занимающаяся вопросами плодородия почв, М.И. Кахаткина (1952-1989 г.г.), ее научно-исследовательская деятельность была посвящена изучению свойств почв южных районов Томского Приобья.

Длительный период с 1973 по 1983 г.г. и с 1980 по 1998 г.г. кафедрой заведовал доцент, а в последствии профессор М.Г. Танзыбаев. Под руководством Михаила Гавриловича проходит период современного становления кафедры почвоведения – внедряется многоуровневая система подготовки почвоведов (бакалавриат, магистратура).

Далее поочередно возглавляли кафедру доцент А.В.Огородников – с 1998 по 2001 г., а с 2001 по 2002 г. доцент Л.И. Герасько, которые ведут исследования по изучению почв и почвенного покрова равнинной и горной частей Западной Сибири. В связи с интенсивным развитием нефтегазовой
промышленности в регионах Западной Сибири, предметом исследований становятся месторождения нефти и газа, где изучаются последствия загрязнения почв нефтью и продуктами нефтедобычи. Работают в этом направлении доценты А.В. Огородников и В.П. Середина.
С 2002 года и по настоящее время кафедру почвоведения и экологии почв Томского государственного университета возглавляет профессор, доктор биологических наук Сергей Павлинович Кулижский.